Hacia el año 1550 d.C. ya están presentes los primeros asentamientos con ocupaciones históricas en Andacollo. Como ya es sabido, la explotación minera de este lugar se da desde tiempos prehispánicos, la cual se replica en el periodo de conquista española con el contacto hispano-indígena.
En el registro arqueológico presente en Andacollo, aún es posible ver la muestra de este contacto hispano-indígena. En los sitios con representaciones rupestres, que principalmente fueron producidos en el período anterior, durante la ocupación incaica de este lugar, es posible encontrar diseños que son de este periodo colonial temprano: figuras humanas con sombrero y posiblemente armas tipo fusil en las manos, figuras de caballo, escenas de monta, estrellas de cinco puntas o pentagramas. Esto se puede interpretar considerando que los mismos grupos indígenas que se encontraban durante la ocupación incaica en este lugar, al ingresar los conquistadores españoles, siguen realizando estas manifestaciones por algún tiempo más, pero esta vez incorporando nuevas imágenes de lo que ven y que son propios de la llegada de los extranjeros hispanos.

Petroglifos del periodo colonial temprano en Andacollo, donde es posible encontrar figuras humanas con sombreros alones, otro con un posible fusil en sus manos, figuras de caballos y una escena de monta, como así también motivos de estrella de cinco puntas o pentagrama.
Si bien, no se conoce la fecha exacta cuando los españoles llegan a Andacollo y comienzan a trabajar este mineral, se dice con certeza que cuando los españoles descubrieron los lavaderos de oro en el río Choapa en el año 1557 d.C., en tiempos de García Hurtado de Mendoza el mineral de Andacollo ya estaba en actividad.
Se debe recordar que el asentamiento español en la región del Norte Chico se consolidó después del año 1549, con las campañas de pacificación desarrolladas por el conquistador español Francisco de Aguirre, segundo fundador de la ciudad de La Serena. También tenemos información que Francisco de Aguirre, se habría encargado personalmente de la explotación de las minas de Andacollo, las que después encomendó al licenciado Escobello, y éste a su vez a García Díaz de Castro, Pedro Cisternas y Luis Tornero.
El cronista Jerónimo de Bibar, parece insinuar la existencia del asiento minero de Andacollo en 1558, al indicar que el distrito de La Serena era abundante en oro, pero no se trabajaba por la falta de agua.
El trabajo minero aurífero de la localidad se vio confirmado en 1568, al hacer los mineros de La Serena, un generoso donativo para los gastos de la guerra al recién llegado Presidente de la Real Audiencia, Bravo de Sarabia. En una carta enviada el 19 de agosto de 1568 al rey Felipe II por Bravo de Sarabia, se da cuenta de este gran envío de oro que habría sido extraído desde Andacollo, y se compromete a enviar a la ciudad de Coquimbo una guarnición de cien soldados para defender a sus vecinos en caso de una sublevación indígena.
Las noticias directas del asiento de Andacollo como centro de productor de oro a cargo de la explotación española, datan de 1575 y fueron proporcionadas por el cronista Juan López de Velasco, quien vuelve a hacer referencia a la falta de agua en la localidad, lo que conspira contra la producción minera, destacando el mineral de Andacollo por su importante producción.
Las técnicas de explotación deben haber estado orientada al lavado de los sedimentos aluviales auríferos, aunque no se puede descartar que con la técnica de lavar mineral chancado, se haya recuperado oro de vetas. El interés minero aurífero de la localidad se vio acentuado al finalizar el siglo XVI, por la evidente decadencia de los asientos mineros de la zona centro-sur de Chile, ya sea por su agotamiento o por causa de la Guerra de Arauco.
La necesidad de trabajadores puede haber estimulado tempranamente la introducción de mano de obra esclava en el mineral de Andacollo. En efecto, durante el gobierno de Rodrigo de Quiroga, ya se presentó la proposición de hacer esclavos a los mapuches prisioneros de guerra para destinarlos al trabajo minero. Se envió una partida de 400 esclavos a la ciudad de La Serena, pero la experiencia resultó nefasta, puesto que los indígenas se negaron al trabajo forzado, huyendo muchos hacia la cordillera. Otros fueron sometidos a crueles castigos para frenar sus naturales impulsos de libertad.
En su obra “Crónica del Reino de Chile” escrita durante los años 1551 y 1595, el militar y cronista español Pedro Mariño de Lobera nos relata sobre las minas de Andacollo, las que según el autor son muy ricas en oro y “tienen más de tres leguas en circunferencia; donde hay tan fino oro como en las más famosas minas del mundo, tan subido en quilates que pasa de ley, y por falta de agua no se saca tanto como se sacaría si la hubiera; más con todo esto saca un trabajador un día con otro cosa de doce reales de valor, y a veces mucho más”.
Por otra parte, Fray Reginaldo de Lizarraga en su obra “Descripción colonial” del año 1599, nos indica que los españoles explotaban el oro que se encontraba en Andacollo, el cual según el autor era muy fino y de buena ley, sacando cada año entre 75.000 y 80.000 pesos. Para extraer este mineral los españoles utilizaban unos doscientos cincuenta indígenas como mano de obra, los cuales trabajaban durante nueve meses del año y dejaban descansar la tierra los otros tres meses.
Otro de los acontecimientos importantes que sucede en Andacollo en tiempos coloniales, se relaciona con la veneración a la Virgen de Andacollo y la tradicional expresión de tipo sincrética que representan los bailes chinos donde se mezcla la religiosidad católica con el rito de origen indígena prehispánico.
La historia cuenta que la imagen de esta Virgen perteneció a los españoles, que capitaneados por Juan Bohón, fundaron la ciudad de La Serena en 1544. En enero año 1549, los españoles fueron atacados por indígenas que venían del valle de Copiapó, los que destruyeron la ciudad de La Serena. Quienes sobrevivieron (se estima que sólo dos hombres), huyeron a los cerros de Andacollo, donde habrían escondido la imagen de la Virgen. Allí permaneció oculta hasta que en la segunda mitad del siglo XVI (posiblemente entre los años 1555 a 1575), fue hallada por un indígena del sector, quién la llevó a su casa donde comenzó a adorarla junto a su familia. Paulatinamente, el culto se fue extendiendo al resto del poblado, hasta que aproximadamente en el año 1580 la autoridad eclesiástica decide levantar una capilla a cargo del cura doctrinero Juan Gaitán de Mendoza. Lo cierto es que en el año 1584, los fieles comienzan a manifestarse y se funda el primer baile chino como forma de adoración que le rinde cultos a la imagen de la Virgen de Andacollo.
Como ya se mencionó, hacia finales del siglo XVI y principios del siglo XVII, producto de la Guerra de Arauco en el sur del país, los indígenas habían recuperado la mayor parte del territorio con sus productivos campos auríferos al sur de Santiago. Por otra parte, los terrenos productivos cerca de Santiago con que contaban los españoles, se encontraban prácticamente agotados y tuvieron un período de depresión, momento en que Andacollo comenzó a cumplir un rol importante en la economía de ese entonces en el país.
Es así como en 1607, el gobernador del Reino de Chile Alonso García de Ramón, en una carta dirigida al Rey de España con fecha de abril de 1607, escribía: “Andacollo es uno de los ríos de oro que hay en el mundo”. De esta manera el oro de Andacollo, vino a ser un pilar para la crisis en que se encontraba el país y una poderosa ayuda durante el siglo XVII. Fue durante este siglo, que el escritor e historiador Benjamín Vicuña Mackena en su obra del año 1881 “La edad del oro en Chile”, nos señala: “Y sin embargo de todo esto, en el largo y penoso curso del siglo XVII existió una mina de oro, una sola mina de copiosa riqueza, y que por sí sola, a nuestro juicio, sostuvo a todo el reino impidiendo con su provisión constante un verdadero cataclismo. Esta mina fue la famosa de Andacollo”. En esa época, el nombre de Andacollo estaba tan profundamente ligado al folklore del país que, en los contratos y documentos legales se estipulaba que el pago debía efectuarse en “buen oro de Andacollo”.
En el año 1644 se oficializa el culto a la Virgen de Andacollo, otorgando a la capilla el nombre de Nuestra Señora del Rosario. Durante mediados del siglo XVII, sucede un hecho que no tiene explicación según las fuentes históricas: la desaparición de la imagen de la Virgen. El pueblo había crecido en habitantes y en 1668 fue declarado parroquia. Su primer cura párroco fue don Bernardino Álvarez de Tobar, quién al llegar al pueblo quedó impresionado al encontrar la capilla en ruinas y la imagen de la Virgen desaparecida. Lamentablemente, no se sabe cómo ni por qué, la Virgen original desapareció. Debido a la ausencia de la imagen de la Virgen del Rosario de Andacollo, en el año 1672 la capilla cambió de nombre por “Arcángel San Miguel”. Sin embargo esto no duró mucho tiempo, ya que el párroco Bernardino Álvarez de Tobar, devoto de la Virgen y conocedor de la tradición de culto a María en Andacollo, se negó a dejar que desapareciera este fervor. Es así como convocó a los vecinos, mineros, trabajadores e indígenas de Andacollo a una reunión donde les propuso comprar una nueva imagen de la Virgen en la ciudad de Lima, Perú. Los habitantes estuvieron de acuerdo y lograron reunir 24 pesos para adquirirla. La nueva figura de la Virgen llegó a principios del año 1676. Al llegar la nueva imagen, debieron tramitar el cambio de nombre de la capilla, para volver a ser llamada Nuestra Señora del Rosario, lo cual demoró prácticamente todo el año 1676. Finalmente, la imagen fue bendecida el primer domingo de octubre de 1676. Es por esta razón que hasta la actualidad se mantiene el primer domingo de octubre la celebración llamada “Fiesta Chica”.
Por otra parte, la Virgen traída desde Lima, es la misma imagen que hasta el día de hoy se mantiene en la Iglesia Nuestra Señora del Rosario de Andacollo y la única a la que se le han atribuido y atestiguado milagros. Durante estos años también, se realiza la construcción de una nueva capilla más solida y digna, porque la anterior estaba inutilizable. Con la adquisición de la nueva imagen de la Virgen, la parroquia vuelve a tener el nombre de Nuestra Señora del Rosario.

Imagen de la Virgen de Andacollo, que fue tallada en Perú y traída a Andacollo en 1676. Es la imagen que actualmente se encuentra en el templo de Andacollo y la única a la que se le han atribuido y atestiguado milagros. Fotografía: Gina Videla.
Casi 100 años después, en el siglo XVIII, el obispo de Santiago don Manuel de Alday y Aspée, visita Andacollo y ordena construir un templo más grande porque el que existía se hacía muy estrecho para la cantidad de gente que asistía en los días de celebración a la Virgen. Es así, como en 1789 siendo párroco don Vicente Valdivia, se inauguraba el nuevo templo de 40 metros de largo por 7 metros de ancho. Este templo, es la actual Iglesia parroquial o Iglesia chica, a la que se le han agregado notables mejoras con el paso de los años.
Durante los siglos XVI y XVII, existe evidencia de otra labor productiva en el mineral de Andacollo. En el año 1667, el capitán español Juan Caro de Mundaca, vecino de La Serena, elevó a las autoridades la solicitud para explotar las minas de azogue (nombre antiguo con que se le conocía al mercurio) de Andacollo, las que habían sido recientemente descubiertas por él. Once años después, en 1678, Caro de Mundaca consiguió ayuda para comenzar en su prospección y laboreo. No se ha encontrado en los años siguientes referencias a los trabajos iniciados por Caro de Mundaca y a los minerales de Azogue sino hasta 1712, fecha en que el gobernador de La Serena don Joaquín Dies de Ulzurrún, en carta dirigida al rey de España, dio cuenta detallada del descubrimiento de unas minas de mercurio en las proximidades de Andacollo, sin mencionar el hallazgo que habría hecho antes Caro de Mundaca, aunque todo hace suponer que se trataba de las mismas minas. Dies de Ulzurrún manifestó haber hecho una visita prolija al mineral en junio de 1711, acompañado de varias personas entendidas en la materia. La visita se practico en el más estricto secreto, con el objeto de no despertar la inquietud de los mineros de la zona, quienes, a pesar de conocer la existencia de estas minas, las habrían aterrado para impedir que su explotación les obligara a proporcionar la mano de obra necesaria para un tipo de faena que solo podía correr por cuenta de la Real Hacienda. El informe que adjuntó Dies de Ulzurrún abrió grandes esperanzas. Reconoció haber obtenido muestras que manifestaban la existencia de mineral de buena ley y se comprometió a iniciar los trabajos para su explotación si el monarca otorgaba la correspondiente autorización.
El alto precio del azogue que llegaba a Chile principalmente desde el Perú, y la importancia creciente que iba adquiriendo la minera de plata en Chile, donde el azogue era fundamental en el proceso de amalgamación, despertó de nuevo el interés de las autoridades por el azogue que se había descubierto en Andacollo a mediados del siglo XVIII. En 1762 se concedió una licencia a don Martín Santos de Lalana para que reconociera las minas y fabricara hornos para la recuperación del mercurio. Además de esta licencia, el gobernador Antonio de Guill y Gonzaga extendió otra, casi en la misma fecha, a favor de don Francisco Javier Hermoso. Al interés de ambos mineros, se sumó el de Antonio Miguel de Mocoaga y Echeverría, quien también solicitó licencias para explotarlas. Este último se autocalificó descubridor del mineral de azogue de Andacollo, agregando que la primera petición la había hecho en 1759, poco antes de que el gobernador Manuel de Amat y Junyent, abandonará el reino de Chile y se hiciera cargo del virreinato del Perú. De la acción de Santos de Lalana han quedado varios testimonios. En 1765 solicitó, incluso, el cargo de corregidor de Coquimbo, para avanzar en el estudio del azogue de Andacollo, solicitud que consiguió al año siguiente. En 1767 Ambrosio O’Higgins (padre del héroe de la independencia de Chile, Bernardo O’Higgins) detallo, en un extenso memorial, la importancia que revestía el descubrimiento de estas minas y las ventajas que podía ofrecer para la Corona y para el reino su oportuna explotación. Sin embargo, fue un informe presentado por el contador real don Juan Navarro en 1778 lo que decidió al ministro del Consejo de Indias don José de Gálvez y Gallardo, a impartir instrucciones para la puesta en marcha de las faenas de Andacollo. En efecto, entre varias materias, Navarro propuso iniciar cuanto antes el beneficio de estas minas, cuya riqueza era notoria desde los tiempos en que habían sido reconocidas por Santos de Lalana. Tan pronto el ministro Gálvez y Gallardo se enteró del contenido del informe de Navarro, escribió al regente de la Real Audiencia Tomás Álvarez de Acevedo, solicitándole noticias de las minas de que daba cuenta Navarro.
A pesar de las instrucciones del ministro, los trabajos se iniciaron en Chile con lentitud. Casi una casualidad decidió al regente Álvarez de Acevedo a enviar un perito a examinar las minas de Andacollo en 1783. Por esos años, había llegado a Chile el afamado naturalista francés José Dombey, conocido más bien por sus trabajos en el campo de la botánica. En las conversaciones particulares que sostuvo con el regente, este último se enteró que Dombey era también un buen conocedor de los minerales de azogue. En conocimiento de esto, determinó enviarlo a Andacollo a inspeccionar las minas de La Jarilla y Majada de Cabritos, las dos que se suponía más ricas.
El informe que entrego Dombey en 1783 sin ser del todo favorable, parece haber convencido a Álvarez de Acevedo de la necesidad de iniciar las faenas en Andacollo. En realidad, el informe de Dombey no se refirió de manera muy concreta a su calidad, sino visualizó las ventajas que podía ofrecer a toda la zona la obtención de un producto vital para la economía regional. Pensó que la explotación de las minas de Andacollo permitiría establecer un depósito de azogue que dinamizaría el progreso de la región. De paso, Dombey dio cuenta de la existencia de otras minas de azogue en un paraje llamado Punitaqui, pocos kilómetros al sur de Andacollo.
Una año después de la visita de Dombey, nuevas circuntancias producto del esfuerzo del ministro Gálvez y Gallardo por impulsar la explotación de las minas de Andacollo, permitieron dar otro paso adelante. En 1784 llegó al país don Miguel de Hormachea, desde el mineral de azogue peruano Huancavélica, con el encargo de examinar detenidamente las minas de Andacollo. Casi en los mismos días en que llegaba Hormachea, se recibía en Santiago la orden de Gálvez y Gallardo del 4 de septiembre de 1784 mediante la cual se nombraba al regente de la Real Audiencia, Tomás Álvarez de Acevedo, subdelegado de Ramo de Azogue, con amplias atribuciones sobre la materia. En enero del año siguiente, el subdelegado designó a don José Antonio de Rojas comisionado para la exploración, reconocimiento y beneficio de los minerales de La Jarilla y Majada de Cabritos, dándole por práctico a don Miguel de Hormachea. Lamentablemente, estas labores no brindaron frutos ya que las muestras recogidas en La Jarilla y Majada de Cabritos eran de baja ley y de poca calidad. Esto hizo que las labores y la explotación de azogue, se trasladarán a las minas de Punitaqui.
Durante el siglo XVIII, Andacollo sigue siendo un importante productor de oro, siendo innumerables las minas explotadas a lo largo de su historia. Las visitas de minas y los informes de los corregidores dan cuenta, durante la segunda mitad del siglo XVIII, de una importante actividad minera, informándose de un gran número de minas, tanto en explotación como abandonadas en las numerosas vetas auríferas reconocidas en Andacollo.
En el sector de Churrumata, que venía siendo explotado desde el tiempo de los Incas, se reconocieron, en la visita de 1789, tres vetas: la Churrumata, la inmediata a ella y la Churrumatilla, encontrándose trece minas abandonadas. En 1788, fue descubierta la veta La Chunca. Se desconoce el año del descubrimiento de la veta de La Cutana, la cual fue habilitada el año 1770. En la veta de San Pedro Nolasco, ubicada en un cerro homónimo, se reconoció una mina rehabilitada el año 1776, luego de haber sido disfrutada y aterrada, presumiéndose que su primera explotación proporcionó buenas utilidades. En la veta llamada La Centinela, hay una referencia de su trabajo desde 1769, y en 1773 dicha mina habría sido disfrutada. En el paraje denominado Los Veneros, se solicito en 1763 una pertenencia que presentaba señales de trabajos indígenas, desarrollados a tajo abierto. Sobre esta pertenencia se trabajó en forma continua, al parecer con buenos resultados de 1774 a 1792. Los veneros se encontraban en una masa de roca compacta y sumamente dura, por lo que los trabajos se desarrollaron a tiro de pólvora. Otras vetas de relativa importancia descubiertas hacia fines del siglo XVIII, corresponden a las vetas de Cárdenas y de Malbran, mientras que La Cortadera, Santo Domingo y El Rincón de la Cutana continúan desarrollando algún tipo de trabajo. La visitas de minas de 1789 da cuenta del importante número de minas abandonadas en este período, las vetas de Santa Rita, El Rosario, de San Diego en el cerro de La Ensalada, lo que refleja la importancia que ha tenido el mineral. En la veta Las Arenillas, habían cuatro minas abandonadas; en la veta La Centinela, tres minas abandonadas; en la veta El Carmen, de gran extensión, se encontraron sobre doce minas abandonadas; en la veta La Chunca también se encontraron sobre doce minas abandonadas; en la veta El Toro, cuatro minas abandonadas; en las vetas Llahuín, La Laja, El Espino y San Antonio sólo se trabajaron las estacas descubridoras, encontrándose todas abandonadas.
En 1790, el mineral de Andacollo sigue “bien amparado de mineros”, aunque el informe de Riveros expresa que sus trabajos no están siendo rentables, salvo por una mina que posee buena ley. Las noticias proporcionadas por Víctor Ibáñez de Corvera, en 1792, señalaban la persistencia de trabajos mineros auríferos con algún grado de beneficio, lo que no contradice el informe de Riveros. El informe de Egaña del año 1803 no señala minas de oro en actividad en el mineral de Andacollo.